Si bien algunos de los partidarios del psicoanálisis y autores posmodernos lo consideran una forma de ciencia o de conocimiento, hay quienes cuestionan su estatus científico. Algunas de las críticas son las siguientes:
• En su modelo de demarcación de la ciencia, Karl Popper tomó al psicoanálisis como ejemplo de pseudociencia, porque violaba el principio de falsabilidad, en contraste con la teoría de la relatividad de Albert Einstein. Popper observó que, mientras las condiciones de refutación de las hipótesis de Einstein estaban determinadas con precisión y Einstein estaba dispuesto a empezar de nuevo si la evidencia no las sustentaba, las teorías de Sigmund Freud eran infalsables y le permitían reinterpretar la evidencia cuando no confirma las hipótesis. Aunque Popper calificaba al psicoanálisis como pseudociencia no sugiere que no sea racional o que no sea valioso. Popper mismo declara que el psicoanálisis: «Constituye una interesante metafísica psicológica (y no cabe duda de que hay alguna verdad en él, como sucede tan a menudo en las ideas metafísicas)».
• Adolf Grünbaum considera que la teoría sí puede ser falsada y que, de hecho, resulta ser falsa.
• Alan Sokal y Jean Bricmont explican, en imposturas intelectuales, cómo Jacques Lacan usa el lenguaje matemático en su teoría del psicoanálisis de forma incorrecta y totalmente fuera de contexto para aparentar un carácter científico. Otros autores, sin embargo, explican que el uso por parte de Jacques Lacan de un lenguaje matemático significó no el intento de demostrar matemáticamente las afirmaciones del psicoanálisis, sino una representación simbólica de algunas de tales afirmaciones, con la intención de transmitir la estructura misma en su funcionamiento y vaciada de las argumentaciones de las llamadas «novelas» de cada sujeto. La respuesta de Sokal es que tal uso simbólico de conceptos matemáticos, muy probablemente desconocidos por la gran mayoría de los lectores de Lacan, es de dudosa utilidad. Arkady Plotnitsky (matemático y profesor de la Universidad de Purdue de teoría literaria) ha señalado que también Sokal y Bricmont se equivocan en su libro, puesto que «algunas de sus aseveraciones concernientes a objetos matemáticos y especialmente sobre los números complejos son incorrectas».
• El epistemólogo Mario Bunge, en su modelo de demarcación de la ciencia, sostiene que el psicoanálisis es un ejemplo de pseudociencia porque carece de consistencia externa. Mientras las diferentes disciplinas científicas interactúan apoyándose las unas en las otras, tanto en sus aspectos teóricos como empíricos, el grave problema del psicoanálisis, consistiría según sostiene Bunge, en que se trata de una disciplina aislada del resto del conocimiento, que no interactúa con disciplinas obviamente pertinentes, tales como la psicología experimental, la neurociencia cognitiva y las ciencias biológicas. Más aún, según este autor, el psicoanálisis es incongruente con los descubrimientos de estas disciplinas.
Sin embargo, el presidente actual de la Asociación Psicoanalítica Argentina, Andrés Rascovsky, aclara que la opinión de Bunge es parte de «una línea» de epistemólogos y filósofos, que no coincide con la de otros colegas, como el epistemólogo argentino Gregorio Klimovsky. Según Rascovsky, «con Freud, fue justamente el psicoanálisis el que bregó por un campo científico en medio de una psicología ideologizada». Y explica: «No necesariamente el desarrollo de la ciencia de la subjetividad pasa por la empirismo, por ciencias duras, como dice Bunge. No podemos reducir el psiquismo humano a una combinación biológica ni a una química».
• Autores como Van Rillaer recopilaron ejemplos sobre la forma en que Freud y otros psicoanalistas descalifican a sus críticos empleando argumentos de autoridad y falacias ad hominem.
• El psicoanálisis es considerado una pseudociencia por la psicología cognitiva, la psicología evolucionista, la biología molecular, la neurobiología y la psiquiatría actual. Le critican el hecho de que se basa en teorías obsoletas e hipótesis que carecen de apoyo empírico. Ejemplo de ello son sus construcciones metapsicoanalíticas:
el complejo de Edipo, el complejo de castración, la Envidia del pene o la Pulsión de muerte, no poseen base empírica o científica.
• B.F.Skinner criticó a los psicoanalistas y psicólogos cognitivos de especular con procesos internos cuando no disponen de los medios de observación apropiados.
• Hans Eysenck recopiló y criticó todos los estudios existentes sobre la efectividad del psicoanálisis en su libro Decadencia y Caída del Imperio Freudiano y concluye afirmando que el tratamiento psicoanalítico no supone ninguna mejora sobre la tasa de remisión espontánea (sin tratamiento) de las neurosis.
• Freud es criticado por varios autores por haber falseado sus investigaciones. Historiadores y
periodistas mostraron que hay una gran divergencia entre la evolución de los casos clínicos tal como Freud la relata en sus textos y los casos reales. Uno de los casos más famosos es el de Sergei Pankejeff (llamado «el hombre de los lobos»), investigado por la periodista Karin Obholzer. Pankejeff sufría de una grave neurosis y pesadillas recurrentes que le impedían valerse por sus propios medios. Freud interpretó los sueños del paciente, concluyendo que estaban relacionados con un trauma sexual de su infancia. Según Freud, al comunicarle el origen de su problema, Pankejeff se curó completamente. Sin embargo, las investigaciones mostraron que la historia fue muy distinta. No sólo Pankejeff nunca se curó, sino que siguió siendo tratado por otros psicoanalistas hasta su muerte y su estado durante ese transcurso empeoró considerablemente. Pankejeff cobraba un sueldo mensual a cargo de la Fundación Sigmund Freud, con el propósito de mantenerlo oculto en Viena, para que el fraude no se hiciera público.
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