La noción de estrato se impuso desde los primeros tiempos de la investigación psicoanalítica desde una doble perspectiva, teórica y metodológica: el segundo punto de vista rige evidentemente al primero, en cuanto la investigación «por estratos» del psiquismo sugiere y justifica un modelo de aparato psíquico fundado en la disposición «en estratos» de sus componentes. También convendrá tener en cuenta las modificaciones generadas en la noción por el desarrollo de la doctrina, desde la primera a la segunda tópica, en particular por la función reconocida al yo en la organización psíquica. En el primer decenio de la investigación, es decir, en la dirección que prolonga la cura catártica, la noción de estrato permitió caracterizar el método en su generalidad como procedimiento de «excavación por estratos». Freud se explica al respecto en los Estudios sobre la histeria, con el ejemplo de Elisabeth: «Pude entonces renunciar en seguida a la hipnosis, reservándorne no obstante la posibilidad de recurrir a ella más tarde, cuando en el curso de la confesión, la memoria de la enferma no bastara para sacar a luz ciertas asociaciones. Ése fue mi primer análisis completo de una histeria. Me permitió por primera vez, con la ayuda de un método que más tarde erigí en técnica, proceder a la supresión, por estratos, de los materiales psíquicos, procedimiento comparable a la técnica de excavación en una ciudad sepultada. En primer lugar hice que la enferma me contara todo lo que le era conocido, tomando nota con cuidado de los pasajes en los que una conexión seguía siendo enigmática, o parecía faltar un eslabón en la cadena de las motivaciones, después penetraba en estratos cada vez más profundos del recuerdo, utilizando en este caso la exploración hipnótica o una técnica análoga a ella. Naturalmente, emplearnos este procedimiento porque esperábamos sacar a luz una determinacion completamente suficiente. Pronto hablaremos de los medios de esa exploración en profundidad». De modo que la noción de estrato es introducida en su función operatoria con referencia a la estratificación de la memoria, que reposa sobre la presentación de series asociativas a lo largo de la cura. Subsiste el interrogante sobre el resorte de esa estratificación. La carta 52 a Fliess, del 6 de diciembre de 1896, le da un fundamento genético relacionado con la concepción de las huellas mnémicas corno signos (Zeichen). Esta presentación se inscribe en lo esencial de las concepciones psicoanalíticas, en tanto permite comprender la represión como exclusión de la transposición de un sistema de huellas mnémicas entre los diversos registros, constituidos en diferentes edades: «Tú sabes que en mis trabajos parto de la hipótesis de que nuestro mecanismo psíquico se estableció por un proceso de estratificación: los materiales presentes en forma de huellas mnémicas se encuentran cada tanto reordenados en función de las nuevas circunstancias. Lo que hay de esencialmente nuevo en mi teoría es la idea de que la memoria está presente no una sino varias veces, y que se compone de diversos tipos de «signos». En mi estudio sobre la afasia, ya he sostenido la idea de una disposición análoga de las vías provenientes de la periferia. Ignoro cuántos son esos registros. Hay por lo menos tres, y probablemente más. El esquema siguiente ilustra esta manera de ver. Muestra que las diversas inscripciones están también separadas (no necesariamente desde el punto de vista topográfico) según las neuronas que las transportan». La noción de estrato adquiere también una significación no ya simplemente tópica sino dinámica en la época de las Conferencias de introducción al psicoanálisis, cuando se apela a ella para sostener las concepciones de desarrollo y de regresión requeridas por la teoría de la psicosis. «En los mamíferos superiores, las glándulas germinativas que, en el origen, están situadas en la profundidad de la cavidad abdominal, sufren, en un momento dado de la vida intrauterina, un desplazamiento que las transporta a un lugar situado casi inmediatamente debajo de la piel de la parte terminal de la pelvis. Como consecuencia de esa migración, se encuentra un gran número de individuos en los cuales uno de esos órganos dobles ha permanecido en la cavidad abdominal o se ha localizado definitivamente en el llamado canal inguinal, que en circunstancias normales debe ser atravesado por las dos glándulas, o bien uno de esos canales ha quedado abierto, mientras que en los casos normales los dos deben cerrarse y volverse impermeables después del pasaje de las glándulas. Cuando, siendo un joven estudiante, realicé mi primer trabajo científico bajo la dirección de Von Brücke, tuve que ocuparme del origen de las raíces nerviosas posteriores de la médula espinal de un pez de una forma aun muy arcaica». A continuación, después de haber subrayado el alcance operatorio de estas hipótesis en la teoría de la neurosis y de la fijación narcisista, Freud pasa al tema, heredado de Ferenczi, de los estadios del desarrollo del yo. Así se nos ubica en la vía de la segunda tópica, y en adelante la noción de estrato traduce los momentos sucesivos de la organización del yo. El alcance de esta noción es finalmente confirmado cuando se retorna la metáfora de la ciudad sepultada y la excavación arqueológica que la saca a luz en El malestar en la cultura. Desde el orden biológico hasta el sociológico, sigue abierta la cuestión de conjeturar cuál fue el modelo precisamente privilegiado en la elaboración del pensamiento Freudiano.